コントローラを新調したのでアナログスティックの部分を調整し、
コントローラ設定を保存して閉じようとしたらこんなのが出た。
確認しても割り当ててない箇所なんて無いのになあ。
これが発生するとアナログスティックだけでなく
他のキーコンフィグの設定変更しても終了時にエラーが出るので保存できなくなってしまう。

無効な設定があるならあるで
どこに問題があるのか指摘してくれれば良いのに。

困ったけど色々調べて試してみたら解決した。

キーボード設定の「各操作タイプの初期設定」を一度別のタイプに変更して保存終了する。
クラシックタイプとかフロンティアタイプとかの一覧から変更できる部分。
これを現状設定されているタイプ以外に変更して終了する。
すると問題なく保存できるようになる。
必要であればこの「各操作タイプの初期設定」を元に戻して再度保存して終了すれば良い。

上記の操作を行ったらkeyconfig.cfgのタイムスタンプが更新されていたので、
keyconfig.cfgとkeyconfig2.cfgとを比較してみたら差分箇所が多い上に、
ニャれんどうとかのメゼフェス関連の設定項目が追加されていた。
となると、7/4のアプデに伴うkeyconfig.cfgのアップコンバートがうまく行かず、
例えば不整合のようなものが発生して先のような現象が発生したりしたのかな。
推測に過ぎないけど。

また、keyconfig.cfgが更新されたということは、
別の解決方法として同ファイルを削除（または別名に変更）することで
手動で初期化させて解決することもできると思う。
しかしながらこれは既存のキー設定すら削除されてしまう可能性があるので最良の手段とは言えないけども、
もし解決できなかったらファイルを復旧（または元のファイル名に変更）することで戻すことはできるはず。
推測に過ぎないけどｗ

というわけで、もし同様の現象に遭遇したら参考にしてみて下さい。
しかしながら自己責任で！